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Cy3.5是一种发红色荧光的花青素类荧光染料。Cy3.5在显影时可以用561nm或者594nm的激光束激发然后用Texas Red相似的滤片观察，它是一种非常常用的标记染料。Cy3.5-NHS可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等。

胺基(primary amine)是生物标记反应中常用的基团。蛋白表面赖氨酸侧链(residue)官能团就是伯氨基，伯胺基可以和NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester)，异氰酸酯(ITC)或其它活化基团反应生成稳定链接，从而把Cy3.5分子连接到目标分子上。

Cy3.5-伯胺的水溶性较低，所以在水相的标记反应体系内需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。如需标记的分子对有机溶剂敏感，可选择磺化花青素（sulfonated cyanine），即磺化-Cy3.5-伯胺(YF0124)。两者的光谱性质几乎一致，因此大部分应用可相互替换。两者的主要区别在于：磺化染料是水溶性的，在水相的标记反应体系内不需要使用有机共溶剂，并且降低染料在水中聚集的可能性，增强标记效率。

Cy3.5-伯胺标记后的产物Ex/Em是591nm/604nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Texas Red，Alexa Fluor 594,BODIPY TR,DyLight 594等。

分子式	C44H56Cl2N4O
分子量	727.85
结构式
光谱特性	Ex/Em＝591/604nm (PBS缓冲液)
消光系数	116000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.35
外观	深紫色固体
溶解性	可溶于氯仿，甲醇，乙腈，DMF等有机溶剂，难溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• Cy3.5-伯胺水溶性较低，标记反应可在有机溶剂中进行或者含有机助溶剂的水相中进行。
  
• 标记时使用不含氨基的缓冲体系，比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等，它们会和Cy3.5上的伯胺竞争。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。